Boukhara  est une ville d'Ouzbékistan, située au centre-sud du pays. Il y a deux hypothèses concernant l'étymologie du mot : Buqaraq du sogdien qui signifierait « lieu fortuné » et Vihara en sanskrit qui désigne un monastère bouddhiste. Elle est la capitale de la province de Boukhara. Ses habitants sont les Boukhariotes.. Elle est située sur le cours inférieur de la rivière Zarafshan, au milieu d'une oasis, à la limite orientale du désert de Kyzyl Kum. Elle était reliée par voies caravanières à Merv et aux vallées des fleuves Amou-Daria et Syr-Daria. La ville compte environ 240 000 habitants. Les Boukhariotes sont turcophones de langue ouzbèke, comme dans la majorité du pays, mais il en est aussi de langue tadjike (variante du persan). On compte également une communauté juive, dits juifs boukhariotes, autrefois importante, aujourd'hui presque disparue.                                                                         
La majorité de la population est de religion sunnite avec quelques chiites. Il existe une minorité orthodoxe russe et quelques centaines de catholiques regroupés dans la paroisse Saint-André.
Au cour de la Route de la soie et du royaume perse, Boukhara et Samarkand, protectorats russes depuis le milieu du XIXe siècle, ont été rattachées à la Russie bolchévique en 1920 et à la République socialiste soviétique d'Ouzbékistan sous Staline.
L'oasis de Boukhara, active dès l'antiquité, a très tôt attiré la convoitise de ses États voisins : déjà au VIe siècle av. J.-C., les rois de Perse dont, plus tard, Darius, l'avaient envahie ; puis en 329 av. J.-C., après l'invasion de l'Iran par Alexandre le Grand, le territoire de Sogdiane, dont faisait partie Boukhara, devint une possession grecque jusqu'au IIe siècle av. J.-C.. Entre la fin du Ier siècle av. J.-C. et la moitié du IVe siècle, Boukhara fait partie du royaume de Kushan. C'est au début de cette époque que commence à s'établir un commerce avec les pays d'occident et ceux d'orient. Au Ve siècle, Boukhara est intégrée dans l'État des Hephtalites. Boukhara a été occupée en 710 par les troupes arabo-islamiques durant le califat des Omeyyades : le général Qutayba ben Muslim y établit son autorité sur un prince local. L'héritier du trône de Boukhara, Tougchada, se rallie rapidement à l'islam et règne de 710 à 739. La ville, qui devint un grand centre culturel, faisait alors partie de la province du Khorassan, dont le chef-lieu était Merv. À cette époque, la ville occupait une superficie d'environ 30 à 35 hectares et était entourée d'un rempart avec sept portes d'accès. Les rues étaient orientées selon les points cardinaux et s'organisaient comme un échiquier.
Au IXe siècle, la ville devient la capitale de la dynastie persane des Samanides (875-999) et l'aspect de la ville est à nouveau modifié : on observe onze portes d'accès, le « rabad » (faubourg) s'étend autour de la partie intérieure (« chakhristan »), la population augmente de manière significative, les professions déterminent le lieu de résidence, de nombreux mausolées et mosquées sont édifiés (dont le mausolée des Samanides).
Des savants, poètes, écrivains résidaient à Boukhara au Xe siècle : le grand médecin et philosophe Avicenne (Abu Ali Ibn Sînâ), né à proximité (980-1037), le poète Rudaki  et le savant encyclopédiste al-Biruni (mathématicien, physicien, astronome, historien, etc.), né près de Khiva (973-1048), qui correspondit avec Avicenne. Boukhara est le berceau d'al-Boukhârî (810-870), un important compilateur de hadiths (recueils de paroles attribuées à Mahomet).
En 999, la ville fut envahie par les Qarakhanides. À cette époque, des monuments, encore visibles aujourd'hui, furent édifiés : le minaret d'Arslan-Khana (minaret de Kalian), la mosquée de Magoki-Attari, la mosquée de Namezgokh, le mausolée de Tchachma-Ayoub (la source de Job).
Gengis Khan s'empare de la ville en 1220. La ville est intégrée à l'empire des Timourides  en 1370. La ville perd de son importance politique au profit de Samarkand mais en 1506, la dynastie des Chaybanides s'empare de Boukhara et, dans la seconde moitié du XVIe, Abdullah Khan fit de la ville le centre politique du khanat de Boukhara.
Le khanat de Boukhara (1599-1920), qui englobait Samarkand, fut l'un des  trois khanats ouzbeks issus de la dislocation du khanat de Djaghataï, avec ceux de Khiva et de Kokand.
À partir de 1599, une nouvelle dynastie commence à régner, les Astrakhanides, bientôt secouée par des querelles internes importantes. Puis, en 1740, le roi de Perse Nâdir Shâh envahit le khanat de Boukhara, nomme comme gouverneur Muhammed-Rakhim-Khan ; ce dernier se proclame émir, fonde une nouvelle dynastie, les Manghit (1753-1920). Cette période est une période de déclin pour Boukhara.
Boukhara tombe sous le régime du protectorat russe en 1868, avant de perdre définitivement son indépendance avec la prise de la ville par l'Armée rouge le 2 septembre 1920.
Au cours de son histoire, Boukhara apparaît surtout comme une ville religieuse, moins marquée par la vie scientifique que Samarkande. 
Boukhara est également le nom générique donné aux tapis turkmènes, dont le principal centre de négociation est le bazar d'Achgabat. Ces tapis se subdivisent en téké et yomouth, noms des deux principales familles de tribus turkmènes. Leur style très typique se reconnaît facilement car la décoration du champ est constituée par la répétition du même motif décoratif, le goul, emblème de la tribu du tisserand.
Les cent-quarante monuments protégés par l'UNESCO témoignent de la richesse historique et culturelle de cette ville. Après l’Independance, la ville de Boukhara est reconnu par le monde comme «La perle de l’Islam.

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